مقام معظم رهبری در تاریخ 29 خرداد ماه 1385 در جمع مسئولان نظام به تبیین مهم‌ترین شاخصههای اصولگرایی پرداختند. ایشان در این سخنرانی بر این مسأله تأکید کردند که «اصولگرایى به حرف نیست؛ اصولگرایى در مقابل نحلههاى سیاسى رایج کشور هم نیست. این غلط است که ما کشور یا فعالان سیاسى را به اصولگرا و اصلاحطلب تقسیم کنیم: اصولگرا و فلان؛ نه. اصولگرایى متعلق به همهى کسانى است که به مبانى انقلاب معتقد و پایبندند و آنها را دوست مىدارند؛ حالا اسمشان هر چه باشد.» ایشان با توجه به همین مسأله تأمین و تثبیت آزادی و آزاداندیشی را در کنار شاخصه‌هایی چون ایمان و هویت اسلامى و انقلابى و پایبندى به آن، عدالت، حفظ استقلال سیاسی، تقویت خودباورى و اعتماد به نفس ملى، جهاد علمی، شکوفایی اقتصادی و اصلاحات به عنوان مهم‌ترین شاخصههای اصولگرایی معرفی کردند. از طرفی دیگر آزادی و آزاداندیشی در کنار مطالبه‌ی حکومت اسلامی و استقلال از جمله اصلی‌ترین شعارهای انقلاب اسلامی بوده است.
متاسفانه سوء استفادههایی که در گذشته و امروز از سوی برخی افراد و جریان‌های سیاسی از شعار آزادی در جهت شکستن حریم‌های شرعی و قانونی به عمل آمده، و نگرانی از تکرار این سوء استفاده‌ها موجب شده است تا دلبستگان به انقلاب آنچنان که باید به دفاع از این اصل اصیل انقلاب نپردازند! رهبر حکیم انقلاب اما با بصیرت و روشن بینی تمام ضمن تفاوت گذاشتن بین آزادی و فهم غلط از آن، رشد اجتماعى، علمى، فکرى و فلسفى را بدون آزاداندیشی غیرممکن دانسته و می‌فرمایند:
«آزادى را نباید بد معنا کرد. آزادى یکى از بزرگترین نعمت‌هاى الهى است که یکى از شعبش آزاداندیشى است. بدون آزاداندیشى، این رشد اجتماعى، علمى، فکرى و فلسفى امکان ندارد. در حوزههاى علمیه، دانشگاه و محیطهاى فرهنگى و مطبوعاتى، هو کردن کسى که حرف تازهاى مىآورد، یکى از بزرگترین خطاهاست؛ بگذارید آزادانه فکر کنند. البته من فهم غلط از آزادى را تأیید نمىکنم؛ من باز گذاشتن دست دشمن را در داخل براى اینکه مرتباً گاز سمّى تولید کند و در فضاى فرهنگى یا سیاسى کشور بدمد، تأیید نمىکنم؛ من براندازى خاموش را - آنچنانى که خود امریکایی‌ها گفتند و عواملشان چند سال قبل در اینجا سادگى و بىعقلى کردند و به زبان آوردند - برنمىتابم و رد مىکنم؛ اما توسعهى آزادى و رها بودن میدان براى پرورش فکر و اندیشه و علم و فهم، ربطى به اینها ندارد. ظرافتى لازم است که آدم این دو منطقه را از همدیگر باز بشناسد و مرز اینها را معین بکند. آزادى و آزاداندیشى، یکى از مبانى اصلى اصولگرایى است.»
ایشان همچنین یک هفته پس از انتخابات ریاست جمهوری در خطبه‌ی نمازجمعه (29 خرداد ماه 88) بر لزوم تداوم بحث‌ها و مناظره‌های تلویزیونی (البته با حذف نکات منفی آنها) تأکید کرده و فرمودند:
«البته خیلى خوب است که اینجور مناظرههایى در سطوح مدیریتى ادامه پیدا کند - البته با حذف عیوب - و افراد، مسئولین، خودشان را در معرض نقد و انتقاد قرار بدهند و پاسخگو باشند و پاسخ بدهند و تبیین کنند. خیلى از اوقات اگر چنانچه یک انتقادى به کسى بشود، این فرصتى است براى او که بتواند ذهن‌ها را روشن کند، تبیین کنند، حقیقت را بیان کنند؛ خیلى چیز خوبى است؛ البته با حذف آن عیوبى که عرض خواهم کرد. اگر این جور مناظرهها در طول سال و در طول چهار سال ادامه داشته باشد، دیگر وقتى در هنگام انتخابات پیش آمد، حالت انفجارى پیدا نمی‌کند؛ همهى حرف‌ها در طول زمان گفته خواهد شد، شنیده خواهد شد؛ نقدها، پاسخ‌ها، جواب‌ها.»
تأکید مجدد مقام معظم رهبری بر راه‌اندازی کرسی‌های آزاداندیشی در دیدار با اساتید دانشگاه‌ها در هشتم شهریور ماه 88 نشانه‌ای دیگر از توجه ویژه‌ی ایشان به تأمین فضای آزادی بیان و انتقاد است. ایشان در این دیدار فرمودند:
«از اظهارنظر هیچ نباید بیمناک بود. این کرسىهاى آزاداندیشى که ما گفتیم، در دانشگاه‌ها باید تحقق پیدا کند و باید تشکیل بشود. اگر چنانچه بحث‌هاى مهم تخصصى در زمینهى سیاسى، در زمینههاى اجتماعى، در زمینههاى گوناگون حتّى فکرى و مذهبى، در محیطهاى سالمى بین صاحبان توان و قدرتِ بحث مطرح بشود، مطمئناً ضایعاتى که از کشاندن این بحث‌ها به محیطهاى عمومى و اجتماعى ممکن است پیش بیاید، دیگر پیش نخواهد آمد... اگر در محیطهاى خاص، محیطهاى آزاداندیشى و آزادفکرى، این مسائل مطرح بشود - مسائل تخصصى، مسائل فکرى، مسائل چالشبرانگیز - مطمئناً ضایعات کمتر پیش خواهد آمد.»
با توجه به تأکیدات مکرر مقام معظم رهبری بر تأمین و تثبیت آزادی و آزاداندیشی به عنوان یکی از مهم‌ترین شاخصههای اصولگرایی؛ نخبگان جامعه می‌بایست تمام توان خویش را برای تأمین آن و مقابله با عواملی که تثبیت این اصل را با چالش مواجه می‌کند، بکار گیرند.
در این راستا به نظر می‌رسد مهم‌ترین موانعی که تثبیت آزادی و آزاد اندیشی را با چالش مواجه کرده است؛ اولاً سوء استفادههایی است که از آزادی در جهت شکستن حریم‌های شرعی و قانونی صورت می‌گیرد و ثانیاً عدم برخورداری از تحمل و ظرفیت کافی در میان برخی از فعالان عرصه‌های مذهبی، علمی، فرهنگی و سیاسی در هنگام مواجهه با صاحبان آرا و اندیشه‌های مخالف و برخوردهای بعضاً تند، قهرآمیز و همراه با توهین و تهمت با منتقدان و مخالفان خویش است.
بی‌شک اگر چالش‌هایی که این دو گروه برای تثبیت آزادی و آزاداندیشی به وجود می‌آورند به درستی مدیریت شود، نظام مقدس جمهوری اسلامی می‌تواند در آغاز دهه‌ی چهارم از حیات خویش برگ زرین دیگری را بر افتخارات خود بیافزاید.
