وی روز چهارشنبه 22 آذر 1391 در سن 63 سالگی دار فانی را وداع گفت. مراسم تشییع و تدفین وی فردا برگزار خواهد شد.
وی در شامگاه سه شنبه بر اثر سقوط از آسانسور در منزل شخصی خود ضربه مغزی شد که پس از انتقال از خوانسار به بیمارستان الزهرا(س) اصفهان؛ درگذشت.
حجت الاسلام والمسلمین سید مرتضی علوی خوانساری پس از درگذشت پدر خویش مدیریت حوزه‌ی علمیه‌ی مریم بیگم صفوی خوانسار که بعدها به حوزه‌ی علمیه آیت الله علوی تغییر نام داد را بر عهده داشت.
پیام آیت الله صافی گلپایگانی
"آن فقید سعید، عمر پربرکت خود را در راه تربیت طلاب و فضلا و اداره مدرسه علمیه و ارشاد و هدایت مردم گذراند و در حقیقت، خادمی با اخلاص در درگاه حضرت بقیة الله (عج) بود.
این مصیبت را به علمای بزرگوار، طلاب و فضلا و مردم متدین و شریف خوانسار خصوصاً شاگردان آن مرحوم و خاندان مکرم تسلیت می‌گویم و از خداوند متعال برای آن عالم خدوم، علو درجات و برای بازماندگان محترم، صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت دارم."
سه روز عزای عمومی در خوانسار
استانداری اصفهان نیز بدین مناسبت سه روز عزای عمومی در خوانسار اعلام کرد. بر اساس اعلام روابط عمومی استانداری فارس در اعلامیه‌ی علیرضا ذاکر اصفهانی(استاندار اصفهان) آمده است: با ابراز تاسف و تالم از ضایعه جانگداز رحلت اسوه زهد و تقوی، حضرت آیت الله حاج سید مرتضی علوی خوانساری، برای عزاداری مردم متدین و ولایتمدار شهرستان خوانسار در سوگ این عالم ربانی و عارف روشن ضمیر، سه روز عزای عمومی در این شهرستان اعلام می شود.
وی اظهار کرد: این عالم جلیل القدر عمر گرانقدر خویش را در طریق رضای الهی و خدمت به اسلام و مسلمانان، پرورش طلاب و فضلا و توسعه حوزه علمیه حضرت آیت الله علوی صرف کرد.
استاندار اصفهان افزود: این عالم ربانی در نشر و تعظیم شعائر اسلام و اطاعت از ولایت و رهبر معظم انقلاب در راه انقلاب اسلامی تلاش کرد و رحلت وی ضایعه ای جبران ناپذیر برای اسلام و مسلمانان و مردم شریف و عالم پرور خوانسار است.
حوزه‌ی ساده، کوچک اما باعظمت آیت الله علوی - سال 1376 یا 1377 شمسی
این عکس در سفری که در سال 1379 به خوانسار داشتم گرفته شد
روحش شاد، یادش گرامی و راهش پررهرو باد
اشراق
